Quel logiciel de facturation choisir pour sa micro-entreprise en 2026 ?

Créer une facture conforme, suivre ses encaissements, préparer sa déclaration de chiffre d’affaires à l’URSSAF… La gestion administrative d’une micro-entreprise est souvent sous-estimée. Un bon logiciel de facturation permet de gagner un temps précieux et d’éviter les erreurs, notamment les oublis de mentions légales obligatoires qui peuvent coûter cher. En 2026, la réforme de la facturation électronique ajoute une contrainte supplémentaire pour la comptabilité des micro-entrepreneurs.

Comparatif des meilleurs logiciels de facturation pour micro-entreprise en 2026

Prix constatés en juin 2026, tarifs à destination de professionnels.

LP Pro (LegalPlace)

LP Pro est le logiciel de facturation de LegalPlace, conçu pour les indépendants et micro-entrepreneurs souhaitant gérer leur facturation, leur comptabilité et leur compte pro depuis un seul espace. Il est proposé à 9,90 € HT par mois ou 99 € HT par an (soit 8,25 € HT par mois) pour les micro-entrepreneurs, avec un accès au compte pro inclus.

Il comprend la création de devis et factures conformes en illimité, la gestion de la TVA, les relances automatiques, la connexion avec un expert-comptable et la conformité à la réforme de la facturation électronique 2026. L’interface est pensée pour les non-comptables (création d’une facture en moins d’une minute, suivi des encaissements en temps réel et tableau de bord clair).

LS Compta

LS Compta est une solution qui combine compte professionnel, facturation et outils comptables dans une interface unique dédiée aux indépendants et micro-entrepreneurs. La création de devis et factures est incluse sans surcoût avec le compte pro, tout comme la gestion de la TVA, les relances automatiques et la synchronisation avec un expert-comptable.

Compatible avec la réforme de la facturation électronique 2026, LS Compta mise sur la simplicité d’utilisation et l’automatisation des tâches administratives. Son principal atout réside dans son offre intégrée. Les entrepreneurs peuvent gérer leurs paiements, leur facturation et leur suivi comptable depuis un seul espace, sans multiplier les outils.

Qonto

Qonto est avant tout un compte professionnel enrichi d’outils de facturation et de gestion financière destinés aux indépendants et aux petites entreprises. Plateforme Agréée (PDP), il est conforme à la réforme de la facturation électronique 2026 et permet de créer des devis et factures en illimité, de suivre les paiements et d’automatiser les relances clients.

La plateforme facilite également la collaboration avec un expert-comptable grâce à des exports comptables et des intégrations dédiées. Son interface intuitive, son application mobile performante et ses nombreuses fonctionnalités bancaires en font une solution appréciée des micro-entrepreneurs qui souhaitent centraliser leur gestion financière au sein d’un même outil.

Tiime

Tiime est une plateforme de facturation et comptabilité dédiée aux indépendants, reconnue comme Plateforme Agréée (PDP) par la DGFiP, ce qui la rend conforme à la réforme de la facturation électronique 2026. Son offre gratuite permet de créer des devis et factures en illimité, avec un e-invoicing natif dès la version gratuite.

La version payante ajoute des fonctionnalités de comptabilité, de relances automatiques et de connexion avec un expert-comptable. Tiime est particulièrement appréciée pour la qualité de son interface mobile et pour sa capacité à faire le lien entre l’auto-entrepreneur et son comptable.

Abby

Abby est un logiciel tout-en-un de facturation et comptabilité dédié aux micro-entrepreneurs, avec plus de 25 000 utilisateurs. Plateforme Agréée (PDP) par la DGFiP, elle est conforme à la réforme de la facturation électronique 2026 dès son offre gratuite.

Abby permet de créer des devis et factures conformes, de suivre sa trésorerie, de gérer ses déclarations et de synchroniser ses données avec un expert-comptable. Elle se distingue par une approche tout-en-un adaptée aux micro-entrepreneurs qui souhaitent centraliser facturation et comptabilité sans payer.

Indy

Indy est une plateforme française de facturation et comptabilité pour indépendants, également Plateforme Agréée (PDP) par la DGFiP. Son offre gratuite inclut les devis et factures en illimité, un compte bancaire pro avec IBAN français et une carte Mastercard. L’offre payante, à partir de 22,90 € HT par mois, ajoute la comptabilité complète, l’automatisation des déclarations TVA et chiffre d’affaires, et la connexion avec un expert-comptable.

Indy se distingue par le niveau d’automatisation comptable le plus poussé du marché pour les indépendants (déclaration TVA directement envoyée aux impôts, déclaration de chiffre d’affaires directement transmise à l’URSSAF).

Pennylane

Pennylane est une plateforme de gestion financière qui réunit facturation, comptabilité et pilotage de trésorerie. Conforme à la réforme de la facturation électronique 2026, elle permet de créer des devis et factures en illimité, de gérer la TVA et de collaborer en temps réel avec un expert-comptable.

Ses nombreuses automatisations (rapprochements bancaires, catégorisation des opérations, suivi des encaissements) en font une solution particulièrement adaptée aux micro-entrepreneurs qui souhaitent anticiper le développement de leur activité. Son tableau de bord offre une vision claire des revenus, des dépenses et de la rentabilité, le tout depuis une application mobile complète.

Quels critères pour choisir son logiciel de facturation en micro-entreprise ?

Le choix d’un logiciel de facturation pour votre micro-entreprise dépend de plusieurs facteurs. Voici les cinq critères à examiner avant de vous décider.

La conformité à la réforme de la facturation électronique 2026

C’est le critère numéro un en 2026 pour votre micro-entreprise. Dès septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront recevoir des factures électroniques. Dès septembre 2027, les micro-entrepreneurs assujettis devront également en émettre via une plateforme agréée. Choisir aujourd’hui un logiciel non agréé, c’est s’exposer à une migration forcée dans quelques mois avec le risque de perdre ses données et de perturber sa facturation. Vérifiez systématiquement que le logiciel est référencé comme Plateforme Agréée (PDP) ou qu’il est connecté à une PDP agréée par la DGFiP.

La gestion de la TVA

Même si la grande majorité des micro-entrepreneurs bénéficient de la franchise en base de TVA , certains dépassent les seuils et deviennent redevables. Il est important de choisir un logiciel capable de gérer la TVA (collectée et déductible) pour ne pas avoir à changer d’outil en cas de dépassement des seuils.

La connexion avec un expert-comptable

Si vous faites appel à un expert-comptable, ou envisagez de le faire, choisissez un logiciel qui permet de partager vos données directement avec votre comptable. Cela évite les ressaisies et les erreurs, et simplifie la préparation de votre déclaration annuelle.

La facilité de prise en main

Un micro-entrepreneur n’est pas comptable. Son logiciel de facturation ne doit pas l’obliger à l’être. Privilégiez une interface simple, intuitive et rapide à prendre en main, avec une création de facture en moins de deux minutes. L’application mobile est également un critère important pour les indépendants qui travaillent sur le terrain.

Le tarif et le rapport qualité/prix

Pour une micro-entreprise, le budget est souvent une contrainte majeure. La bonne nouvelle est qu’il existe des logiciels de facturation entièrement gratuits qui couvrent largement les besoins d’une activité simple (Tiime, Abby, Indy, etc.). Les solutions payantes, à partir de 8,25 € HT par mois pour LP Pro, apportent des fonctionnalités supplémentaires comme les relances automatiques, la comptabilité intégrée ou le compte pro.

Les obligations de facturation spécifiques à la micro-entreprise

En tant que société commerciale, votre micro-entreprise est tenue de respecter des règles précises en matière de facturation. Voici les trois points à connaître.

Les mentions obligatoires sur les factures d’une micro-entreprise

Un auto-entrepreneur est soumis à des règles de facturation précises. Chaque facture doit obligatoirement préciser les mentions obligatoires suivantes :

• Le nom et prénom suivi de la mention “EI” ou “Entrepreneur Individuel” ;
• Le numéro SIRET ;
• L’adresse de domiciliation ;
• La date d’émission et le numéro de facture ;
• La description précise des prestations ou produits ;
• Le montant HT et TTC ;
• Ou, en franchise de TVA, la mention “TVA non applicable, article 293 B du CGI” .

À partir du 1er septembre 2027, quatre nouvelles mentions obligatoires s’ajouteront pour les micro-entrepreneurs lors de leur passage à la facturation électronique, en application du décret 2022-1299 (article 242 nonies A du CGI) :

• La catégorie de l’opération vous devrez préciser s’il s’agit d’une livraison de biens, d’une prestation de services ou des deux à la fois ;
• Le numéro SIREN de l’acheteur, en plus du numéro SIRET du vendeur déjà obligatoire ;
• L’adresse complète de livraison du bien, lorsqu’elle est différente de l’adresse de l’acheteur ;
• La mention relative au paiement de la TVA sur les débits, lorsque le prestataire a opté pour ce mode de paiement.

Quel régime de TVA pour votre micro-entreprise ?

Le régime de TVA applicable à une micro-entreprise dépend principalement de son chiffre d’affaires. Par défaut, l’auto-entrepreneur bénéficie de la franchise en base de TVA, ce qui signifie qu’il ne facture pas la TVA à ses clients et ne la reverse pas à l’administration fiscale.

Toutefois, lorsque certains seuils de chiffre d’affaires sont dépassés, la micro-entreprise devient assujettie à la TVA. Elle doit alors facturer la TVA à ses clients, faire apparaître les taux et montants de TVA sur ses factures, puis la déclarer et la reverser à l’État. Le numéro de TVA intracommunautaire doit également figurer sur les factures lorsque cela est requis.

Il est donc important de suivre régulièrement l’évolution de votre chiffre d’affaires afin de déterminer si vous restez éligible à la franchise en base de TVA ou si vous devez appliquer la TVA sur vos prestations ou ventes.

Conservation des factures, quelle durée ?

Les factures doivent être conservées pendant 10 ans minimum à compter de leur date d’émission. Il s’agit d’une obligation légale qui s’applique à toutes les factures, qu’elles soient papier ou électroniques. Un logiciel de facturation avec archivage sécurisé permet de satisfaire cette obligation sans effort.

Quel est le meilleur logiciel de facturation pour ma micro-entreprise selon mon profil ?

Tous les micro-entrepreneurs n’ont pas les mêmes besoins. Le meilleur logiciel de facturation pour vous dépend de votre situation concrète.

Vous démarrez votre activité avec un petit budget

Tiime ou Abby sont les solutions à privilégier, entièrement gratuites, conformes à la réforme 2026 et suffisamment complètes pour couvrir les besoins d’un micro-entrepreneur en phase de lancement. Indy (version gratuite) et LP Pro sont également des options solides, avec en prime un compte bancaire pro inclus.

Vous souhaitez tout gérer depuis un seul outil (facturation, compte pro et comptabilité)

LP Pro est la solution la plus adaptée avec les services de facturation, le compte pro et l’accompagnement LegalPlace dans un seul espace à partir de 8,25 € HT par mois. LS Compta et Indy (version payante) sont également des alternatives complètes avec automatisation des déclarations.

Vous souhaitez centraliser compte pro et facturation dans une néobanque reconnue

Qonto est la référence sur ce segment. Plateforme Agréée par la DGFiP, facturation illimitée, relances automatiques et application mobile complète, le tout intégré dans un compte pro à partir de 9 € HT par mois. C’est la solution à privilégier pour les micro-entrepreneurs qui veulent une néobanque solide avec des outils de facturation conformes à la réforme 2026.

Vous voulez la facturation incluse dans votre compte pro sans surcoût

LS Compta et LP Pro sont les solutions idéales. La facturation est incluse sans surcoût dans le compte pro, avec conformité à la réforme 2026, gestion de la TVA, relances automatiques et connexion expert-comptable. Ce sont les solutions les plus économiques pour un micro-entrepreneur qui souhaite une offre tout-en-un sans payer séparément pour son logiciel de facturation.

Vous avez un expert-comptable et souhaitez lui partager vos données facilement

Tiime est particulièrement bien positionnée sur ce point. L’outil est conçu pour faciliter la collaboration entre l’auto-entrepreneur et son comptable. LP Pro et Indy offrent également cette fonctionnalité.

Vous facturez principalement des professionnels (B2B) et devez être conforme à la réforme 2026

Privilégiez une Plateforme Agréée (PDP) par la DGFiP (LP Pro, , LS Compta, Tiime, Abby, Qonto ou Indy notamment) pour être certain d’être conforme à l’obligation d’émission de factures électroniques dès septembre 2027.

Vous êtes artisan et avez des besoins spécifiques sur le terrain

En tant qu’artisan, vous allez certainement privilégier une solution avec une application mobile performante et un mode de création rapide de devis et factures depuis smartphone. LP Pro, LS Compta, Tiime ou Indy répondent à ces critères.

Combien coûte un logiciel de facturation pour micro-entreprise ?

Plusieurs logiciels de facturation sont entièrement gratuits et couvrent largement les besoins d’une activité simple. Les solutions payantes apportent des fonctionnalités complémentaires (comptabilité, relances automatiques, compte pro) qui peuvent rapidement s’avérer rentables.

Prix constatés en juin 2026, tarifs à destination de professionnels.

FAQ

Samuel Goldstein

Samuel est co-fondateur de LegalPlace et responsable du contenu éditorial. L’ambition est de rendre accessible le savoir-faire juridique au plus grand nombre grâce à un contenu simple et de qualité. Samuel est diplômé de Supelec et de HEC Paris

Dernière mise à jour le 10/06/2026

Sources de l'article

• Ordonnance n° 2021-1190 du 15 septembre 2021 – Généralisation de la facturation électronique
• Décret n° 2022-1299 du 7 octobre 2022 – Modalités de la facturation électronique
• Article 293 B du CGI – Franchise en base de TVA