L’arrêt de travail pour les auto-entrepreneurs

En cas d’arrêt de travail, l’auto-entrepreneur peut bénéficier d’une indemnité journalière maladie. Cette prime est attribuée par la sécu via la CPAM ou la SSI. Néanmoins, le droit aux IJ maladie du micro-entrepreneur ou auto-entrepreneur est soumis à une condition de seuil sur le revenu et de durée d’affiliation à la caisse d’Assurance Maladie.

Les auto-entrepreneurs ont-ils droit aux arrêts de travail ?

En cas d’incapacité de travailler due à une maladie, un accident ou encore un congé maternité/paternité et l’adoption, l’auto-entrepreneur peut bénéficier d’indemnités journalières maladie.

En effet, étant sous le régime de micro-entreprise, il perçoit les indemnités journalières maladie de la Sécurité sociale pour les indépendants (SSI). Qu’il soit informaticien ou freelance dans le domaine du bâtiment, les droits aux indemnités sont les mêmes.

Si auparavant les couvertures maladies de toutes les catégories de salariés et d’indépendants étaient identiques, depuis l’adoption du Décret n° 2015-101 du 2 février 2015 , le régime social concernant l’auto-entrepreneur a subi quelques modifications.

Ainsi, afin de garantir l’équité entre toutes les catégories de professions, le montant des indemnités journalières versées à l’indépendant en cas de maladie ou de maternité variera désormais suivant son revenu professionnel ou son chiffre d’affaires. Pour ce faire, les recettes correspondant aux trois dernières années sont prises en compte.

Pour bénéficier des indemnités maladies journalières pour les indépendants, l’auto-entrepreneur doit se soumettre à quelques conditions :

• Il doit en premier lieu être affilié à un régime obligatoire de Sécurité sociale pour une activité professionnelle qu’il pratique depuis au moins un an. Il doit notamment s’acquitter de l’ensemble de ses cotisations de base et de ses cotisations supplémentaires pour les indemnités journalières. De plus, les majorations de retard doivent être à jour.
• Pour un entrepreneur individuel qui travaille dans l’artisanat ou le commerce, il est de rigueur que l’entrepreneur individuel ou son conjoint soit artisan ou commercial, qu’il continue de pratiquer son activité ou du moins soit en maintien de droit au moment du constat médical.
• Il faut également que l’auto-entrepreneur dispose d’un avis d’arrêt de travail. Il devra en transmettre les volets 1 et 2 à son agence de Sécurité sociale dans un délai de 48 heures.
• Enfin, il doit avoir un revenu moyen supérieur ou égal à 4 383,20 € par an. C’est-à-dire qu’il faut qu’il réalise un chiffre d’affaires minimum de 15 115 € (achat/vente et location) ou 6 641,20 € (activités de prestations de service BNC) avant l’abattement appliqué.

Outre les indemnités journalières maladie, l’auto-entrepreneur peut aussi profiter d’une prise en charge des soins courants similaires à celle du régime de salarié :

• Remboursement des consultations ;
• Médicaments sur ordonnance ;
• Frais d’hospitalisation ;

1. Cumul auto-entrepreneur et salarié en arrêt maladie

En cas de cumul d’une activité salariée et d’auto-entreprise, les indemnités journalières maladie du professionnel sont versées par la CPAM (Caisse primaire d’Assurance Maladie). Dans ce cas, le calcul des avantages est uniquement basé sur le salaire sans prise en compte du revenu d’auto-entrepreneur. Trois cas de figure peuvent apparaître dans cette situation :

• Arrêt de travail inférieur à 6 mois : le professionnel doit avoir au moins 150 heures de travail à son compteur au cours des trois mois civils ou 90 jours précédant l’arrêt de travail. Sinon, il doit avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant du SMIC horaire soit 12 058,2 en 2026, au cours des 6 mois civils précédant l’arrêt de travail.
• Arrêt de travail supérieur à 6 mois : le travailleur doit avoir effectué au moins 600 de travail au cours des 12 mois civils ou des 365 jours qui précèdent l’arrêt de travail. Il doit également prouver son affiliation auprès de l’Assurance maladie pendant au moins 12 mois. En outre, il doit au moins avoir cotisé sur un salaire de 2 030 fois le montant du SMIC horaire pendant 12 mois avant l’arrêt maladie.
• Pour une activité discontinue ou saisonnière, il doit avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois civils ou 365 jours consécutifs précédant l’arrêt de travail ou avoir cotisé l’équivalent de 2 030 fois le montant du SMIC horaire au cours des 12 mois civils avant l’arrêt de travail. Si la durée d’arrêt maladie dépasse les 6 mois, le micro-entrepreneur salarié est tenu de compter un an d’immatriculation auprès de l’Assurance Maladie au titre d’assuré social.

2. Arrêt maladie de l’auto-entrepreneur en profession libérale

Les auto-entrepreneurs exerçant des professions libérales réglementées sont exclus du dispositif de micro-entrepreneur.

En principe, les Indemnités journalières ne concernent pas les micro-entreprises en activité libérale relevant d’une autre caisse que la CIPAV ou de la sécurité sociale pour les indépendants. Ainsi, la CIPAV verse des indemnités journalières maladie uniquement aux auto-entrepreneurs qui lui sont affiliés.

Néanmoins, pour les activités datant d’avant le 1er janvier 2018, l’auto-entrepreneur ne peut pas bénéficier du régime d’indemnisation pour les indépendants en cas d’arrêt de travail.

Il peut cependant souscrire une mutuelle privée qui propose d’autres avantages. Cette option peut s’avérer plus avantageuse pour ceux qui ont des problèmes de santé réguliers.

Dans ce cas, la couverture des auto-entrepreneurs n’est pas la même que celle des salariés. Toutefois, il est nécessaire de souligner que les micro-entreprises non réglementées pouvaient choisir les règles générales de protection sociale des travailleurs indépendants jusqu’à la fin de l’année 2022.

S’il s’agit en revanche d’une activité libérale non réglementée affiliée à la SSI et créée après le 1er janvier 2018, l’entrepreneur individuel peut profiter du régime de la protection sociale des travailleurs indépendants applicables aux artisans et commerçants.

Ainsi, dans le cadre de ses activités, le professionnel a droit à des indemnités journalières en cas d’arrêt de travail à condition de remplir les conditions suivantes :

• Inscription à la Sécurité sociale des indépendants depuis un an.
• Paiement à jour des cotisations sociales.
• Disposition d’un revenu annuel supérieur à 4 383,20 euros.
• Exercice de l’activité au moment de l’arrêt de travail.

Le revenu considéré sera alors le montant correspondant au chiffre d’affaires après l’abattement de 34 % pour les prestations de services libérales. Ainsi pour un revenu annuel de 4 383,20 euros, il faudra qu’il ait réalisé au moins 6 641,20 euros avant application de l’abattement.

3. Le cas de l’auto-entrepreneur artisan

Les conditions sont plus simples et plus flexibles pour l’auto-entrepreneur en commerce ou en artisanat. Ainsi, en exerçant ses activités, l’entrepreneur peut bénéficier des indemnités journalières en cas d’arrêt de travail s’il se conforme aux conditions suivantes :

• Inscription à la Sécurité sociale des indépendants (anciennement RSI) depuis au moins un an.
• Paiement à jour des cotisations sociales.
• Exercice de l’activité au moment de l’arrêt de travail.
• Disposition d’un revenu annuel supérieur à 4 383,20 euros après abattement.

L’auto-entrepreneur en arrêt de travail : comment ça marche ?

Comme en régime salarial, l’assurance maladie et les indemnités journalières de l’auto-entrepreneur disposent d’un fonctionnement particulier qui répond à quelques règles spécifiques en matière d’éligibilité, mais surtout en matière de calcul du montant des indemnités.

Où envoyer un arrêt de travail pour un auto-entrepreneur ?

Quand il aura rempli les conditions pour bénéficier d’une indemnité journalière maladie, l’auto-entrepreneur devra transmettre à la SSI, la CPAM ou à la caisse d’Assurance maladie dont il dépend, un avis d’arrêt de travail dans un délai maximum de 48 heures.

De plus, pour l’auto-entrepreneur qui exerce en parallèle une activité salariée, l’employeur doit remettre à la CPAM le formulaire Cerfa 11135*04 ou l’Attestation de salaire pour le paiement des indemnités journalières.

Cette opération peut se faire par voie postale ou par Internet via le site web ameli.fr. En effet, l’envoi de ce formulaire est indispensable pour le calcul du montant des indemnités journalières maladie perçu par le salarié pendant la durée de son arrêt de travail pour maladie ou maternité.

Comment sont calculées les indemnités journalières pour un auto-entrepreneur ?

L’indemnité journalière maladie versée à l’auto-entrepreneur correspond à 1/730^e de son revenu moyen des trois dernières années civiles. Le calcul se fait ainsi sur 365 jours et non sur 360 jours comme en 2014.

En 2026, les indemnités journalières des auto-entrepreneurs étaient généralement comprises entre 6,00 et 64,52 euros par jour suivant le calcul de revenu freelance soumis à la cotisation sociale :

• Pour un revenu supérieur à 4 383,20 euros, le montant de l’indemnité était compris entre 6,00 et 64,52 euros par jour.
• Pour un revenu inférieur à 4 383,20 euros, l’indemnité journalière est nulle.

Afin de vous aider à mieux comprendre, et pour savoir si votre entreprise peut bénéficier ou non d’une indemnité journalière maladie, voici quelques exemples concrets sur plusieurs tranches de revenu :

• Calcul sur un revenu moyen de 2 500 euros : inférieur à 4 383,20 euros donc pas d’indemnité versée.
• Calcul sur un revenu moyen de 20 000 euros : 20 000 x 1/730= 27,40 euros.
• Calcul sur un revenu moyen de 47 000 euros : 42 000×1/730=57,52 euros.
• Calcul sur un chiffre d’affaires de 55 500 euros : revenu pris en compte après abattement (en commerce) 55 500 x (100 %-71 %) =16 095 x 1/730= 22,05 euros.
• Calcul sur un chiffre d’affaires de 10 000 euros (activité commerciale) : 10 000x (100 %-71 %) =2 900 : inférieur au seuil exigé donc indemnité nulle.

Il est important de noter que l’abattement fiscal appliqué varie suivant le type d’activité :

• Pour le commerce : 71 % ;
• Pour les prestations de services commerciaux et artisanaux : 50 % ;
• Pour les prestations de services et activités libérales : 34 %.

En des termes simples, le montant versé à l’auto-entrepreneur en cas d’arrêt d’activité est calculé en fonction de son chiffre d’affaires et de l’abattement forfaitaire appliqué au régime. Si cette valeur est inférieure au seuil de revenu annuel fixé par l’agence de la SSI, les chances sont minces, voire nulles, pour qu’il puisse être indemnisé.

Les obligations à respecter pour le travailleur indépendant en arrêt maladie

Pour profiter pleinement des indemnités journalières maladie en arrêt de travail, le travailleur doit se conformer à quelques conditions. N’étant plus en activité, il doit donc :

• Arrêter toute activité d’auto-entrepreneur ainsi que toute autre pratique non autorisée dans le cadre de son arrêt maladie.
• Respecter les heures de présence à son domicile : de 9 h à 11 h le matin, de 14 h à 16 h l’après-midi sauf en cas de rendez-vous pour des soins ou des examens médicaux. De ce fait, il n’est pas permis à l’entrepreneur individuel de s’absenter de son domicile sans autorisation préalable du médecin.
• En cas de reprise prématurée des activités, il est impératif de prévenir l’agence de SSI.

Quand sont-elles versées (délai de carence) ?

Le paiement de l’indemnité journalière pour l’auto-entrepreneur varie suivant le type de maladie à l’origine de l’arrêt. En principe, le délai de carence est de 3 jours pour les affiliés à la CPAM. L’indemnisation démarre donc à partir du 4ème jour d’arrêt.

Ce délai de carence change pour les micro-entreprises affiliées à la SSI :

• En cas de maladie ou d’accident : 8 jours après la déclaration.
• En cas d’hospitalisation ou d’arrêt de plus de 7 jours : 3 à 4 jours après la transmission de la déclaration.

Ce délai de carence est nul si l’arrêt de travail est prolongé, dans le cadre d’une affectation de longue durée ou encore dans le cadre d’un nouvel arrêt de travail à la suite d’un accident. La grossesse pathologique peut aussi être considérée comme une raison valable pour supprimer le délai de carence.

La durée de versement de ces indemnités est modifiable selon les situations, et notamment le type d’arrêt de travail indiqué par le médecin :

• Pour un arrêt de travail inférieur à 6 mois, la durée d’indemnisation peut s’étendre jusqu’à 360 jours pour une activité à temps complet et 90 jours en cas de traitement partiel, sur une période de 3 ans.
• Si l’arrêt de travail dure plus de 6 mois, le délai de versement maximum est de trois ans pour le temps complet et 270 jours pour le temps partiel.

À qui s’adresser ?

Pour signaler votre arrêt de travail, vous devrez vous adresser à une agence de la Sécurité sociale des indépendants. Par ailleurs, il existe plusieurs moyens de contacter ce service, quel qu’en soient les raisons :

• Par courrier postal : trouvez l’adresse sur la notification d’affiliation qui vous a été envoyée.
• Par email : découvrez l’adresse mail où envoyer votre déclaration en utilisant ce lien 
• Par téléphone, contactez l’agence SSI au 3648 pour les prestations et services et au 3698 pour les cotisations.

Un auto-entrepreneur peut-il travailler pendant un arrêt maladie ?

En principe, rien n’empêche un salarié en arrêt maladie de se déclarer auto-entrepreneur. Il est toutefois nécessaire qu’il respecte certains critères.

En effet, la création d’une auto-entreprise par un travailleur en arrêt maladie n’a essentiellement aucune incidence sur ses obligations envers son employeur en tant que salarié. Ainsi, il profitera toujours des indemnités journalières versées par la caisse d’assurance maladie.

Toutefois, l’employé est tenu de respecter une clause de non-concurrence et doit s’abstenir d’exercer une activité similaire ou concurrente à celle de son employeur.

Il ne doit surtout pas pratiquer la même activité objet de l’arrêt maladie. En outre, le salarié en arrêt maladie doit formellement se conformer aux horaires de sorties imposées par son arrêt maladie. Il n’a donc pas le droit de quitter son domicile le matin entre 9 h et 11 h et l’après-midi entre 14 h et 16 h sauf pour se rendre au rendez-vous de soins ou d’examens médicaux.

Enfin, il est toujours conseillé de vérifier le contrat de travail afin de voir si celui-ci ne comporte aucune clause de restriction par rapport à l’exercice d’une activité indépendante. Dans le cas de l’exercice d’une activité similaire ou rattachée à celui de l’employeur, il faut également s’assurer qu’il n’est pas nécessaire de demander son autorisation pour la création du statut.

FAQ

Samuel Goldstein

Samuel est co-fondateur de LegalPlace et responsable du contenu éditorial. L’ambition est de rendre accessible le savoir-faire juridique au plus grand nombre grâce à un contenu simple et de qualité. Samuel est diplômé de Supelec et de HEC Paris

Dernière mise à jour le 10/02/2026