ConnexionQuel expert-comptable pour un médecin ? Rôle et coût
Dernière mise à jour le 22/10/2026
- Un médecin doit-il prendre un expert-comptable ?
- Quelles sont les obligations comptables du médecin selon son régime ?
- Quelles sont les missions de l’expert-comptable pour médecin ?
- Comment choisir son expert-comptable quand on est médecin ?
- Combien coûte un expert-comptable pour médecin ?
- L’expert-comptable du médecin remplaçant ou associé de SEL ?
- Aucun texte n’oblige un médecin libéral à faire appel à un expert-comptable, quel que soit son régime fiscal et sa structure d’exercice.
- En micro-BNC, la comptabilité du médecin se limite à un suivi des recettes, tant que celles-ci ne dépassent pas 83 600 € HT par an de 2026 à 2028.
- Au-delà de ce seuil, ou sur option, la déclaration contrôlée impose un livre-journal, un registre des immobilisations et le dépôt d’une déclaration 2035.
- Un expert-comptable coûte à un médecin de quelques centaines d’euros à plus de 4 000 € HT par an, et ses honoraires sont déductibles au régime réel.
Un expert-comptable pour médecin prend en charge la comptabilité, les déclarations fiscales et les cotisations propres à l’exercice libéral, du micro-BNC à la SELARL. Son intervention reste facultative, mais elle devient vite rentable dès que le cabinet passe au régime réel, embauche ou s’installe en société.
Un médecin doit-il prendre un expert-comptable ?
Non, le recours à un expert-comptable reste facultatif pour un médecin, qu’il exerce seul ou en société. L’administration fiscale exige seulement des documents comptables et des déclarations conformes, que le médecin peut établir lui-même. En revanche, s’il délègue cette tâche, elle doit revenir à un professionnel inscrit à l’Ordre. L’ordonnance du 19 septembre 1945 réserve en effet la tenue de la comptabilité d’un tiers aux seuls experts-comptables. C’est d’ailleurs ce qui marque la différence entre un comptable et un expert-comptable.
L’accompagnement par un expert-comptable devient vite utile pour un médecin dans plusieurs situations.
- Vous dépassez le seuil du micro-BNC, le régime simplifié des bénéfices non commerciaux fixé à 83 600 € de recettes, ou optez pour le régime réel ;
- Vous créez une SELARL, une SELAS ou une société civile de moyens avec des confrères ;
- Vous embauchez une secrétaire ou un assistant médical ;
- Vous rachetez une patientèle ou financez du matériel coûteux ;
- Vous préparez votre installation et avez besoin d’un plan de financement.
Un médecin remplaçant en début de carrière peut souvent gérer seul sa comptabilité. À l’inverse, dès que le cabinet prend de l’ampleur, chaque heure passée sur la comptabilité se fait au détriment des consultations.
Quelles sont les obligations comptables du médecin selon son régime ?
Les obligations comptables d’un médecin libéral dépendent de son régime fiscal et de sa structure d’exercice. Ainsi, un remplaçant en micro-BNC tient une comptabilité très légère, alors qu’une SELARL produit chaque année des comptes annuels complets. Voici un tableau récapitulatif des obligations comptables pour un médecin en fonction de son régime fiscal et de son statut juridique :
| Situation | Seuil ou condition | Comptabilité à tenir | Déclaration annuelle |
|---|---|---|---|
| Micro-BNC | Recettes jusqu’à 83 600 € HT | Registre journalier des recettes | Déclaration de revenus 2042-C-PRO |
| Déclaration contrôlée | Recettes au-delà de 83 600 € HT ou option | Livre-journal et registre des immobilisations | Déclaration 2035 et ses annexes |
| SELARL ou SELAS à l’impôt sur les sociétés | Exercice en société | Comptabilité d’engagement complète | Liasse fiscale et comptes annuels |
| SCM | Mise en commun de moyens | Comptabilité de trésorerie le plus souvent | Déclaration 2036 |
Le comptable du médecin en micro-BNC
Le régime micro-BNC s’applique de plein droit au médecin dont les recettes de l’année précédente ou de l’avant-dernière année ne dépassent pas 83 600 € HT. L’article 102 ter du Code général des impôts fixe ce seuil pour les revenus 2026, 2027 et 2028. Concrètement, le médecin tient un registre journalier de ses recettes et conserve ses justificatifs. L’administration applique ensuite un abattement forfaitaire de 34 %, censé couvrir l’ensemble de ses frais. Le médecin reporte donc simplement le montant brut de ses recettes sur sa déclaration de revenus.
On a vite fait de croire que le micro-BNC est le régime le plus simple, donc le meilleur. Dans les faits, un médecin qui renouvelle son matériel ou roule beaucoup pour ses visites dépasse souvent les 34 % de frais sans s’en rendre compte.
Le comptable du médecin à la déclaration contrôlée
Un médecin dont les recettes dépassent 83 600 € HT, ou qui exerce l’option, relève de la déclaration contrôlée. Ses bénéfices non commerciaux correspondent alors à la différence entre les recettes encaissées et les dépenses réellement payées. L’article 99 du CGI lui impose dans ce cas deux documents.
- Un livre-journal qui retrace au jour le jour les recettes et les dépenses professionnelles ;
- Un registre des immobilisations et des amortissements pour le matériel médical et les véhicules.
Le médecin en déclaration contrôlée conserve aussi chaque pièce justificative pendant six ans. Cette comptabilité de trésorerie aboutit chaque année à la déclaration 2035, obligatoirement télétransmise. Pour les revenus 2025, la date limite était fixée au 5 mai 2026, puis portée au 20 mai 2026 grâce au délai supplémentaire accordé en cas de transmission électronique.
Quelles sont les missions de l’expert-comptable pour médecin ?
Un expert-comptable BNC, habitué aux bénéfices non commerciaux des libéraux, intervient bien au-delà de la saisie des écritures. Selon la lettre de mission signée, il prend en charge les déclarations et les cotisations du médecin, puis l’accompagne dans les grandes étapes de la vie du cabinet.
Les déclarations fiscales gérées par le comptable du médecin
La tenue comptable et les déclarations fiscales forment le socle de la mission de l’expert-comptable d’un médecin.
- La saisie des recettes et des dépenses, puis le rapprochement avec les relevés bancaires ;
- Le calcul des amortissements sur le matériel médical et le véhicule ;
- La préparation et la télétransmission de la 2035 ou de la liasse fiscale ;
- Le report des résultats sur la déclaration de revenus 2042-C-PRO ;
- La déclaration 2036 si le médecin est associé d’une SCM.
Le cabinet vérifie aussi que chaque dépense déduite présente bien un caractère professionnel. Les frais professionnels déductibles suscitent en effet régulièrement des questions de l’administration chez les libéraux.
La gestion sociale confiée à l’expert-comptable du médecin
Un médecin libéral cotise, en tant que travailleur non salarié, à l’Urssaf pour la maladie, les allocations familiales et la CSG-CRDS. Il cotise aussi à la CARMF pour sa retraite et sa prévoyance. Ses revenus professionnels sont déclarés une seule fois, dans le volet social de la déclaration de revenus. Le cabinet comptable remplit ce volet et contrôle ensuite les appels de cotisations.
Depuis 2026, la réforme de l’assiette sociale des indépendants modifie aussi le calcul des cotisations des médecins. Les cotisations reposent désormais sur un revenu professionnel élargi, diminué d’un abattement forfaitaire de 26 %, avec de nouveaux taux. Pour un médecin de secteur 1, l’effet reste limité, car l’Assurance maladie prend en charge une partie des cotisations. En secteur 2, en revanche, la facture augmente le plus souvent. Enfin, si le médecin emploie une secrétaire, l’expert-comptable établit aussi ses bulletins de paie et les déclarations sociales associées.
L’expert-comptable du médecin lors de l’installation
L’installation d’un médecin libéral concentre les décisions les plus lourdes sur le plan financier. À ce stade, le cabinet comptable peut intervenir sur plusieurs chantiers.
- L’élaboration d’un prévisionnel financier pour présenter le projet à la banque ;
- Le choix du statut juridique entre exercice en nom propre, SELARL ou SELAS ;
- L’évaluation et le financement d’un rachat de patientèle ;
- La constitution d’une holding de professions libérales pour détenir des parts de société d’exercice libéral (SEL) ;
- L’achat des murs du cabinet via une société civile immobilière.
Comment choisir son expert-comptable quand on est médecin ?
Le bon expert-comptable pour un médecin libéral connaît les règles propres aux professions de santé. Il maîtrise la CARMF, la participation de l’Assurance maladie aux cotisations, l’exonération de TVA des soins et le fonctionnement des SEL. Le prix compte aussi, mais il ne suffit pas à départager les offres.
Expert-comptable médecin spécialisé ou en ligne ?
Trois modèles de cabinets d’expertise comptable s’offrent à un médecin, chacun avec ses forces. Le choix dépend surtout de la complexité de l’exercice.
| Critère | Cabinet spécialisé santé | Cabinet de proximité généraliste | Expert-comptable en ligne |
|---|---|---|---|
| Connaissance des règles médicales | Très bonne | Variable selon la clientèle | Variable selon l’offre |
| Relation | Interlocuteur dédié et rendez-vous réguliers | Rencontres physiques possibles | Échanges à distance par messagerie ou visio |
| Outils | Logiciels adaptés aux cabinets médicaux | Variables | Plateforme et application de suivi |
| Prix | Le plus élevé | Intermédiaire | Le plus bas |
Un expert-comptable en ligne convient bien à un remplaçant ou à un médecin en nom propre dont les opérations restent simples. À l’inverse, un associé de SELARL ou un projet de rachat de patientèle justifient souvent un cabinet habitué aux professions libérales de santé.
La lettre de mission de l’expert-comptable du médecin
Avant toute collaboration, l’expert-comptable d’un médecin doit lui remettre une lettre de mission. Ce contrat précise le contenu de la mission, sa durée et les honoraires. La relire avec attention permet de vérifier plusieurs points.
- L’inscription du cabinet au tableau de l’Ordre des experts-comptables ;
- Le périmètre exact de la mission, de la saisie jusqu’aux déclarations sociales ;
- Le montant des honoraires et les prestations facturées en supplément ;
- Le nom de l’interlocuteur et ses délais de réponse ;
- La date de remise de la 2035 ou des comptes annuels ;
- La prise en charge de la réception des factures électroniques ;
- Les conditions de résiliation et la restitution des documents.
Combien coûte un expert-comptable pour médecin ?
Le tarif d’un expert-comptable pour médecin varie de quelques centaines d’euros à plus de 4 000 € HT par an. Le prix dépend surtout du régime fiscal, du volume d’opérations et de la présence de salariés. Les honoraires restent libres et sont fixés dans la lettre de mission.
| Profil | Accompagnement | Fourchette indicative HT |
|---|---|---|
| Remplaçant en micro-BNC | Aide ponctuelle à la déclaration ou simulation de régime | 150 à 500 € par an |
| Médecin en 2035, cabinet en ligne | Tenue, 2035 et déclarations sociales | 500 à 1 500 € par an |
| Médecin en 2035, cabinet spécialisé santé | Tenue, 2035, suivi et rendez-vous réguliers | 1 500 à 3 000 € par an |
| SELARL ou SELAS | Comptes annuels, liasse fiscale, rémunération du gérant | 1 500 à 4 500 € par an |
| SCM | Tenue et déclaration 2036 | 500 à 1 500 € par an |
| Secrétaire salariée | Bulletin de paie | 20 à 30 € par bulletin |
Les fourchettes de prix d’un expert-comptable pour médecin correspondent aux prix constatés en octobre 2026, sur des tarifs à destination de professionnels. Elles restent indicatives, car chaque cabinet construit son devis à partir de la situation du médecin. De plus, des prestations ponctuelles s’ajoutent souvent, comme un prévisionnel d’installation ou l’accompagnement lors d’un passage en société.
L’expert-comptable du médecin remplaçant ou associé de SEL ?
Les besoins d’un médecin en matière d’expertise comptable varient fortement selon son mode d’exercice. Ainsi, un remplaçant cherche surtout de la simplicité, alors qu’un associé de SEL arbitre chaque année entre rémunération et dividendes.
Le comptable du médecin remplaçant
Le médecin remplaçant exerce en libéral et perçoit une rétrocession d’honoraires de la part du médecin remplacé. Il déclare ces sommes en BNC, le plus souvent au micro-BNC jusqu’à 83 600 € de recettes, et cotise à l’Urssaf et à la CARMF. En revanche, il ne peut pas relever du régime micro-social de l’auto-entrepreneur. Cette confusion fréquente expose à des rappels de cotisations. De plus, les remplaçants aux revenus modestes peuvent opter pour le régime simplifié des professions médicales (RSPM), qui simplifie le calcul et le paiement des cotisations. Un comptable devient surtout utile au moment de comparer micro-BNC et régime réel, ou lors de la première installation.
L’expert-comptable du médecin associé de SEL
Pour un médecin associé d’une SELARL ou d’une SELAS, l’expert-comptable aide à fixer le partage entre rémunération et dividendes. Les dividendes supportent en principe la flat tax, dont le taux atteint 31,4 % depuis le 1er janvier 2026 à la suite de la hausse de la CSG sur les revenus du capital. Dans une SELARL, la part des dividendes qui dépasse 10 % du capital social, des primes d’émission et des comptes courants d’associés est soumise aux cotisations sociales. Cet arbitrage se refait donc chaque année en fonction des revenus de l’associé.
Une réforme des sociétés d’exercice libéral, entrée en vigueur le 1er septembre 2024, a renforcé leur transparence. Une SEL de médecins doit désormais transmettre chaque année à l’Ordre des médecins la répartition de son capital et ses statuts à jour. Le choix entre SELAS et SELARL se fait d’ailleurs en tenant compte de l’ensemble de ces paramètres.
Co-fondateur LegalPlace, Mehdi est diplômé du magistère DJCE et avocat. Il a exercé plus de 12 ans au sein de cabinets anglo-saxons et français en droit des sociétés, fusions-acquisition et capital investissement.
Dernière mise à jour le 22/10/2026
FAQ
Un médecin en micro-BNC a-t-il besoin d'un expert-comptable ?
Non, un médecin en micro-BNC peut gérer seul sa comptabilité. Il tient un registre journalier de ses recettes, conserve ses justificatifs et reporte ses recettes brutes sur sa déclaration de revenus. L’abattement de 34 % s’applique ensuite automatiquement. Un expert-comptable reste toutefois utile pour vérifier si le régime réel serait plus avantageux, notamment lorsque les frais professionnels dépassent un tiers des recettes.
Quel est le prix d'une 2035 chez un expert-comptable pour médecin ?
Pour un médecin au régime réel, la tenue comptable et la 2035 coûtent en général entre 500 et 1 500 € HT par an auprès d’un cabinet en ligne. Comptez plutôt 1 500 à 3 000 € HT dans un cabinet spécialisé santé (prix constatés en octobre 2026). Le tarif dépend du nombre d’opérations, de la présence de salariés et du niveau de suivi souhaité.
Les honoraires du comptable d'un médecin sont-ils déductibles ?
Oui, en déclaration contrôlée comme en société, les honoraires de l’expert-comptable d’un médecin constituent une charge professionnelle déductible. Ils réduisent donc le bénéfice imposable et l’assiette des cotisations. En micro-BNC, ils ne se déduisent pas séparément, car l’abattement forfaitaire de 34 % couvre déjà l’ensemble des frais. Quant à la réduction d’impôt pour frais de comptabilité, elle n’existe plus.
Quelles charges un médecin libéral peut-il déduire avec son expert-comptable ?
Au régime de la déclaration contrôlée, un médecin libéral déduit les dépenses engagées pour son activité et payées dans l’année. Il s’agit notamment du loyer du cabinet ou de la quote-part de SCM, du salaire de la secrétaire, des cotisations Urssaf et CARMF obligatoires, de 6,8 points de CSG, de l’assurance responsabilité civile professionnelle, des formations et des frais de véhicule. Le matériel de plus de 500 € HT s’amortit sur sa durée d’utilisation. En micro-BNC, ces charges ne se déduisent pas séparément, car l’abattement de 34 % les couvre forfaitairement.
Un médecin doit-il adhérer à une AGA en plus de son comptable ?
Non, l’adhésion d’un médecin à une association de gestion agréée est facultative. Depuis l’imposition des revenus 2023, les non-adhérents ne subissent plus la majoration de 25 % de leur bénéfice. Certains médecins y adhèrent encore pour l’examen de cohérence de leur déclaration ou pour les formations proposées. Pour autant, ce choix n’apporte plus d’avantage fiscal direct.
Quand l'expert-comptable du médecin doit-il déposer la 2035 ?
La déclaration 2035 d’un médecin au régime réel se dépose en principe le deuxième jour ouvré qui suit le 1er mai. Comme la télétransmission est obligatoire, un délai supplémentaire de 15 jours s’applique. Pour les revenus 2025, la date limite était ainsi fixée au 20 mai 2026. L’expert-comptable peut transmettre la déclaration à la place du médecin par la voie électronique.
Un médecin remplaçant peut-il se passer d'un expert-comptable ?
Oui, la plupart des médecins remplaçants au micro-BNC gèrent eux-mêmes leurs obligations. Il suffit de suivre ses rétrocessions, de les déclarer et de mettre de côté les sommes nécessaires aux cotisations Urssaf et CARMF. En revanche, le remplaçant ne peut pas opter pour le régime micro-social de l’auto-entrepreneur. Un comptable devient utile lors du passage au réel ou de l’installation.
L'expert-comptable d'un médecin gère-t-il la TVA ?
L’expert-comptable d’un médecin gère rarement la TVA, car les soins à finalité thérapeutique sont exonérés en application de l’article 261 du Code général des impôts. Le médecin ne facture donc pas de TVA sur ses actes et ne la récupère pas sur ses achats. Certaines recettes annexes peuvent toutefois être taxables, comme les actes de médecine esthétique sans visée thérapeutique. L’expert-comptable vérifie alors leur traitement fiscal.
Comment changer d'expert-comptable quand on est médecin ?
Pour changer d’expert-comptable, un médecin résilie sa lettre de mission en respectant le préavis qu’elle prévoit, souvent fixé avant la clôture de l’exercice. Le nouvel expert-comptable prend ensuite contact avec son prédécesseur, comme le prévoient les règles de déontologie de la profession. Le cabinet sortant restitue alors les documents comptables du médecin. Un changement en début d’année évite de partager la préparation de la 2035 entre deux cabinets.
Sources de l'article
- Article 20 de l'ordonnance n° 45-2138 du 19 septembre 1945
- Article 99 du Code général des impôts
- Article 102 ter du Code général des impôts
- Article 158 du Code général des impôts
- Article 261 du Code général des impôts
Rédigé par
Co-fondateur LegalPlace, Mehdi est diplômé du magistère DJCE et avocat. Il a exercé plus de 12 ans au sein de cabinets anglo-saxons et français en droit des sociétés, fusions-acquisition et capital investissement.
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